自营 Cell Signaling Technology
抗体 已认证 品牌介绍 Cell Signaling Technology (CST) 是一家由科学家创立的私营家族公司,致力于提供全球最高品质的创新研究和诊断产品,加速生物学认知以及实现个体化医疗。CST 坚持自主生产和严格验证,其高质量的产品和专业的研发精神已被全球客户认可,被公认/票选为细胞信号研究的金标准、最佳抗体*、研究者的选择*、PTM(蛋白翻译后修饰)年度抗体公司*、十年抗体品牌*等(*来自 CiteAb、LISA 数据报告)。CST 官网(www.cellsignal.cn)
转自:CST博士互助平台研究蛋白翻译后修饰(PTM)时,对已知位点进行筛查,研究人员可能采用WB、IHC等传统方法,但其费事费力,筛选位点数目十分有限。如果对已知或未知位点进行高通量筛选,有些实验室选择使用液相色谱-串联质谱(LC-MS)对处理后的样本进行分析,但其会因混合物复杂、修饰位点丰度低、离子化效率低等被无修饰的肽段质谱信号压制,因此在LC-MS分析之前,先进行PTM富集,有助于提高信噪比。如果您正在研究某个PTM,或您不了解PTM富集对您实验的意义,甚至更不清楚PTM富集的不同方法及选择要点,请先观看来自Cell Signaling Technology (CST)的蛋白质组学团队副总监Matt Stokes博士对这些问题的讲解。他将在使用质谱分析进行高通量鉴定的前提下,以磷酸化富集为例,结合CST客户使用的不同的富集策略,让大家最快理解并运用磷酸化富集方法。- 在质谱分析之前,磷酸化肽段富集的策略有哪些?1)基于抗体的富集2)金属亲和 Fe-IMAC 富集方法3)基于多通路抗体富集方法- CST 基于抗体的磷酸化富集使用的抗体是普通抗体吗?(视频 3分28秒) 不是,使用的是PTM/Motif抗体。开发WB、IHC等普通实验方法所使用的磷酸化抗体时,CST一般使用一种单独的肽作为
抗原(如图1展示的一条磷酸肽),然后针对这种肽生产特异性抗体。对于磷酸化富集,考虑后续要进行质谱分析,所以生产的抗体稍有不同。我们会使用退化性肽库作为抗原,如图2,展示的是磷酸化丝氨酸,通过使用两种残基(RXXS*)相同、残基周围
氨基酸不同的抗原肽,得到针对靶向基序 RXXS* 特异性非常高的抗体,之后这些抗体就可以广泛地与许多不同的一级氨基酸序列发生反应。 类似的,还可以用这种方法产生赖氨酸乙酰化等其他 PTM 的抗体。- 富集策略的选择:依实验目标选择(详细解读见视频 4分30秒)三种不同的富集方法针对三个不同的实验目标。 1. 基于抗体的富集覆盖范围深,虽然用这种方法只能观察到一个有限的空间,但你能深入挖掘到某些丰度较低的蛋白或化学计量较低的位点。2.金属亲和 Fe-IMAC 富集方法原理上,IMAC 会使所有磷酸肽沉淀,即覆盖范围广,适合于找到广泛的磷酸化位点。因此您实验的起始样本量较低,想要一次性富集并读出尽可能多的数据(比如酪氨酸磷酸化、苏氨酸磷酸化、丝氨酸磷酸化……),那么,IMAC 是一项不错的选择。但它也有不足之处,比如你只研究细胞或组织中磷酸化酪氨酸水平,但后者仅占所有磷酸化的1%。低丰度导致 IMAC 富集很难对磷酸化进行深度分析。因此这种情况下推荐进行抗体富集。3.基于多通路抗体富集方法与基于抗体的富集相比,其区别之处在于所使用的抗体——PTMScan® Pathways 使用位点特异性抗体的多重混合物,也就是将一些CST目录产品放到一起,这样就能在一次富集中读出整条信号转导通路或
激酶等
蛋白类型的激活状态。其属于靶向覆盖,鉴定肽段的总数虽较低,但能显示出许多最关键通路蛋白的独特的磷酸化信号变化,同时,它还能得到关键靶点非修饰蛋白水平变化信息。所以,你可以根据自己的实验背景和目标选择相应的富集方法。- 3大策略:富集互补(详情见视频 10分30秒)案例分析,将未经或已经 CD3 抗体处理的 jurkat 细胞裂解物消化成肽,随后进行三种不同的磷酸化富集,再进行质谱分析。从覆盖范围(上图,定性水平)水平来看,3种方法检测到的涉及T细胞
信号通路中的磷酸肽中,1%是三者都能检测出来的,但其余 99% 的磷酸肽就分别由不同的富集方法检测到的。某种意义上说明,如果你要覆盖一条完完整整的信号通路,可能需要进行三种富集策略。3个小图中,Y 轴的左边是 CD3抗体处理后信号下降的位点,右边则反之。 从磷酸化位点变化的数量(上图,定量水平)来看:IMAC 获得的总的磷酸化位点数最多,尽管这样,但pY 和多通路富集提供的上升/下降位点的比例却与 IMAC 相似。这证明了可以使用金属亲和Fe-IMAC和基于抗体富集方法进行互补富集,达到全面评估处理诱导的信号转导变化的结果。 - 富集磷酸化肽段的PTMScan®
试剂盒产品 货号 产品名称 基序 Phospho-Tyr #5636 Phospho-Tyrosine Mouse mAb (P-Tyr-100) Kit y #8803 Phospho-Tyrosine Rabbit mAb (P-Tyr-1000) Kit y Phospho-Ser/Thr #5561 Phospho-Akt Substrate Motif mAb 1 Kit RXX(s/t) #5563 Phospho-Akt Substrate Motif mAb 2 Kit RXRXX(s/t) #5564 Phospho-AMPK Substrate Motif Kit LXRXX(s/t) #12267 Phospho-ATM/ATR Substrate Motif Kit (s/t)Q #12170 Phospho-CK2 Substrate Motif Kit (s/t)(D/E)X(D/E) #14990 Phospho-MAPK Substrate Motif Kit PXtP #4652 Phospho-MAPK/CDK Substrate Motif Kit PXsP, sPX(K/R) #10821 Phospho-PDK1 Docking Motif Kit (F/Y)(s/t)(F/Y) #5565 Phospho-PKA Substrate Motif Kit (K/R)(K/R)X(s/t) #71652 Phospho-PKC Substrate Motif Kit (K/R)(K/R)X(s/t)X(K/R) #14989 Phospho-Ser-Pro-Pro Motif Kit sPP #5566 Phospho-ST*P Motif XP® Rabbit mAb Kit StP #5567 Phospho-T*PP Motif XP® Rabbit mAb Kit tPP #91336 Phospho-Thr-X-Arg Motif [pTR] Kit tXR Motif Antibody Mixes #32948 Basophilic Kinase Substrate Motif Kit (R/X)(R/X)X(s/t) #25081 Phospho-Ser/Thr Motif Kit (s/t) #28303 Phospho-Ser/Thr-Pro Motif Kit (s/t)P Other Enrichments #20432 Phospho-Enrichment IMAC Fe-NTA Magnetic Beads (s/t/y) #75676 Multi-Pathway Enrichment Kit Signaling Pathways 若您刚刚入门PTM研究,建议您继续阅读: -磷酸化富集深入学习-深度解析 | 磷酸化肽段富集策略多通路抗体富集方法-磷酸化抗体使用指南-磷酸化抗体使用建议,听听CST专家怎么说-利用蛋白质组学研究蛋白质相互作用-蛋白互作结合力弱?瞬时结合?蛋白质组学新方法各个击破- 蛋白修饰研究策略分析系列 -(一)蛋白质的鉴定与筛查(二)蛋白修饰位点的搜索及预测(三)蛋白修饰的检测(四)蛋白修饰相关的蛋白功能分析 点击下载《简易蛋白质组学》,全面了解CST PTMScan® 产品及服务。
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